Xavier Robin – Curriculum vitæ

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Je suis un chercheur, bioinformaticien et Professeur Assistant au labo du professeur Linding à Copenhague, Danemark.

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Expertise

Aprentissage profond (Deep Learning)
Réseaux de signalisation cellulaire
Analyse et intégration de données de spectrometrie de masse et séquencage (NGS: Exome et RNA-seq)
Analyse de données (courbes ROC, biomarqueurs, apprentissage supervisé)
Programmation en bio-informatique
Bases de données SQL
Développement web

2016 – présent, Université de Copenhague, Danemark: Professeur Assistant, Linding lab
2014 – 2016, Université de Copenhague, Danemark: Post-doc, Linding lab
2014, Technical University of Denmark: Post-doc, Linding lab
2013, Technical University of Denmark: Early Postdoc mobility fellowship from the Swiss National Science Foundation; Post-doc grant from the , Linding lab

MIAPEGelDB: une interface web pour créer des documents respectant la recommandation MIAPE-gel-compliant; miapegeldb.expasy.org
pROC: un package pour R et S+ permettant de construire et analyser des courbes ROC; www.expasy.org/tools/pROC
PanelomiX: outil pour créer des panels de biomarqueurs optimaux; www.panelomix.net
DeepLearning: un package d’apprentissage profond pour R; Modèle d’apprentissage profond orienté objet. Les couches de type "Restricted Bolzman Machines" sont entraînées par "contrastive divergence", déroulées, et perfectionnées par gradient conjugué; github.com/xrobin/DeepLearning

2007 – 2012, Université de Genève: Thèse interdisciplinaire en sciences (bio-informatique)
2007 – 2007, Hôpitaux universitaires genevois: Stage de spécialisation
2005 – 2007, Université de Genève: Master en protéomique et bioinformatique (facultés de médecine et des sciences); Stage à l'Institut Suisse de Bioinformatique « Tools for proteomic standards » (création d'une interface web pour documents MIAPE)
2002 – 2005, Université de Genève: Licence en Biologie (faculté des Sciences); Monographie “A dual role for Ded1p helicase?”
1998 – 2002, Collège Voltaire: Maturité fédérale à options « de type scientifique »; « avec mention »; Prix Denise Lecoultre pour mon travail de maturité sur le prion
1993 – 2007, Conservatoire populaire de musique de Genève: Piano (certificat d'études musicales); « avec mention »
1987 – 1998, Genève: Scolarité obligatoire à l'école du Lignon puis au C.O. du Renard, Vernier.

2009, Conférence UseR!, Rennes France: Combination of protein biomarkers
2010, Swiss Proteomics Society PhD students' symposium, Bâle: How to combine biomarkers?
2011, HUPO Annual World Congress, Genève: PanelomiX – a bioinformatic tool to build biomarker panels
2012, 9^è Siena Meeting, Sienne, Italie: PanelomiX: a web-based tool to create panels of biomarkers based on thresholds

2007, Congrès de la société suisse de protéomique Society, Lausanne: MIAPEGelDB: a web-based submission tool and public repository for MIAPE gel electrophoresis documents
2008, 8^th Siena meeting, Sienne, Italie: Comparison of statistical learning methods for biomarker combination; Swiss Proteomics Society Grant
2008, European BioAlpine Convention, Genève: Comparison of statistical learning methods for biomarker combination; Prix du meilleur poster dans la session “beyond discovery in proteomics”
2012, Integrative Network Biology 2012: Network Medicine, Helsingør, Danemark: pROC: an open-source package for R and S+ to analyze and compare ROC curves

2010, 2011, pour le master en protéomique et bioinformatique: Biomarker validation part 2: statistical analysis (2h); Combination of biomarkers (2h)
2014, Bachelor in IT and Health, KU / DTU: Organisateur: Introduction to Systems Biology

Association du corps intermédiaire de médecine fondamentale: Membre du bureau et webmaster; www.unige.ch/medecine/acimf
Communauté Geckozone: Traduction d'extensions pour Firefox et webmaster; extensions.geckozone.org

Été 2005, Balexert: Vendeur rayon fruits et légumes, Migros
Été 2004, La Praille: Préparateur de commande à la centrale fruits et légumes de la Migros
Été 2003, La Praille: Magasinier à la Migros (CMR)
Été 2002, Moudon: École de recrue, sdt. d'hôpital (exploitation); Stage d'une semaine au service de l'intendant de l'hôpital de Delémont

Révision de manuscripts pour:: Journal of Proteomics; Biomarkers; The Open Proteomics Journal; Bioinformatics; Journal of Statistical Software
2012 – présent: Membre du bureau éditorial de Journal of Proteomics
Langues Maîtrisées: Français (langue maternelle); Allemand (niveau scolaire); Anglais (bon niveau)
Informations personnelles: Nationalité : Suisse (Genève); Date de naissance : 9 janvier 1983; Origine : Lancy
Loisirs et intérêts: Lecture (Science fiction, fantastique, informatique); Photo (macro)